第1話 太陽に挑む者
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第2話 禁忌の身体
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第3話 おかあさん……
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第4話 愛の錬成
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第5話 疾走!機械鎧(オートメイル)
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第6話 国家錬金術師資格試験
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第7話 合成獣(キメラ)が哭く夜
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第8話 賢者の石
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第9話 軍の狗(いぬ)の銀時計
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第10話 怪盗サイレーン
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第11話 砂礫の大地(前編)
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第12話 砂礫の大地(後編)
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第13話 焔 vs 鋼
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第14話 破壊の右手
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第15話 イシュヴァール虐殺
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第16話 失われたもの
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第17話 家族の待つ家
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第18話 マルコー・ノート
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第19話 真実の奥の奥
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第20話 守護者の魂
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第21話 紅い輝き
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第22話 造られた人間
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第23話 鋼のこころ
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第24話 思い出の定着
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第25話 別れの儀式
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第26話 彼女の理由
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第27話 せんせい
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第28話 一は全、全は一
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第29話 汚れなき子ども
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第30話 南方司令部襲撃
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第31話 罪
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第32話 深い森のダンテ
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第33話 囚われたアル
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第34話 強欲の理論
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第35話 愚者の再会
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第36話 我が内なる科人(トガビト)
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第37話 焔の錬金術師/戦う少尉さん/第十三倉庫の怪
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第38話 川の流れに
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第39話 東方内戦
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第40話 傷痕
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第41話 聖母
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第42話 彼の名を知らず
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第43話 野良犬は逃げ出した
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第44話 光のホーエンハイム
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第45話 心を劣化させるもの
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第46話 人体錬成
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第47話 ホムンクルス封印
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第48話 さようなら
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第49話 扉の向こうへ
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第50話 死
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第51話 ミュンヘン1921
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